Em 1987 foi criada, no Estado do Amazonas, a Federação das Organizações Indígenas do Rio Negro – FOIRN, representando as várias organizações de base dos municípios de São Gabriel da Cachoeira, Santa Isabel do Rio Negro e Barcelos. Já em 1989 foi fundada a Coordenação das Organizações Indígenas da Amazônia Brasileira – COIAB, envolvendo os Estados do Amazonas, Acre, Amapá, Roraima, Rondônia, Pará, Maranhão, Mato Grosso e Tocantins. A criação destas duas instituições representou um marco importante dentro do Movimento Indígena, pois evidenciou o avanço no processo de reivindicação e luta pelos direitos dos índios, abrindo espaço para a atuação efetiva das lideranças das aldeias que buscavam representar seus povos.

Os índios iniciaram uma nova forma de atuação, na qual constróem seus próprios projetos, como é o caso do Programa Waimiri-Atroari (PWA), que foi criado na década de 80, fruto de um convênio entre a Fundação Nacional do Índio (FUNAI) e a Eletronorte, com o objetivo de mitigar os impactos ambientais e sociais causados pelo alagamento de 30 mil hectares da área indígena dos Waimiri-Atroari. Os “Kinja”, como se autodenominam os Waimiri-Atroari, têm conseguido se livrar do processo violento do contato com o “não-índio”, resguardando aspectos importantes de sua cultura, apesar da incorporação de elementos externos.